Podjednako važna i precizna, nešto invanzivnija dijagnostička procedura jeste endoskopija – odnosno endoskopski pregled gornjeg i donjeg gastrointestinalnog trakta .

Ova metoda podrazumevamo upotrebu sitne kamere koja se nalazi na vrhu duge i fleksibilne cevi kojom se u zavisnosti od potrebe vrši pregled želudca i dudenuma/dvanestoplačanog creva/ ili se vrši pregled celokupnog kolona odnosno debelog creva.